|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Melter, Oto (oponent)
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Melter, Oto (oponent)
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Ověření možnosti terapie nádorových onemocnění pomocí bakterií Stenotrophomonas maltophilia. Optimalizace této terapie, vliv agonistů signálních receptorů.
SVÁČKOVÁ, Petra
Nádorové onemocnění neboli rakovina, je velice obávaným onemocněním, které je staré jako lidstvo samo. Rakovina je chápana jako civilizační onemocnění, kterým je postiženo čím dál tím více lidí. Ze statistických průzkumů vyplývá, že jde o problém více než aktuální, kterému je třeba věnovat velkou pozornost. Hlavními cíli této bakalářské práce je pochopení problematiky terapie nádorových onemocnění a ověření možnosti terapie za použití mikroorganismů. Bakalářská práce má část teoretickou a experimentální. V části experimentální byly ověřeny poznatky a hypotézy získané rešeršní prací v teoretické části Teoretická část je zaměřena na pochopení rozsáhlého tématu rakoviny, od definice co rakovina je, jak vzniká až po možnosti terapie. Druhá část teoretické části je zaměřena na terapii nádorových onemocnění za použití mikroorganismů. Byla zpracována rešerše zabývající se použitím bakterií k léčbě rakoviny. Dále bylo rešerší zjištěno, že nádorové buňky mají při přirozeném pH náboj negativní. To znamená, že pokud se najde bakterie, která má náboj přirozeně pozitivní a aplikuje se do místa nádoru, dojde k navázání pozitivně nabité bakterie na negativně nabitou nádorovou buňku. Po navázání bude následovat imunitní reakce organismu bojující nejen proti zánětu, vytvořeném po aplikaci bakterie, ale současně i proti nádorovým buňkám. Jako pozitivně nabitou bakterií se jeví S. maltophilia. K potvrzení této hypotézy bylo třeba nalézt bakterii s podobnými vlastnostmi, velikostí a schopností pohybu jako má S. maltophilia, ale s nábojem záporným. Nejvíce vyhovující je bakterie S. marcescens, která byla také součástí Colleyho toxinu. Pokusy byly prováděny na samicích myší inbredního kmene C57BL/6 od Charles River Laboratories. Byla použita buněčná linie myšího melanomu B16-F10. Ve fázi prvního in vitro experimentu byla zavedena metoda kultivace bakterií S. maltophilia a S. marcescens. Při prvním in vivo experimentu se ověřila hypotéza, že intratumorálním aplikováním vakcíny s inaktivovanou bakterií S. maltophilia došlo k ovlivnění melanomu. V druhém in vivo experimentu došlo k ověření hypotézy týkající se negativního náboje nádorové buňky a pozitivního náboje bakterie S. maltophilia. Jako kontrolní bakterie s negativním nábojem byla použita S. marcescens. V pokusech byl sledován růst a objem nádorů. Nádory byly měřeny jednou za dva dny pomocí kaliperu, čímž byla zjištěna velikost nádoru. Objem nádoru byl vypočítán. Statistické vyhodnocení dat bylo provedeno pomocí Studentova t-testu v programu MS Excel. Přežívání myší bylo vyhodnoceno pomocí testu Kaplan-Meier v programu MedCalc. Provedením in vitro experimentu byla zavedena kultivace obou bakterií na pracovišti. Prvním in vivo experimentem, kde byla použita bakterie S. maltophilia byla potvrzena hypotéza příznivého vlivu intratumorální aplikace bakterie na melanom. Druhým in vivo experimentem byla potvrzena hypotéza o vlivu náboje bakterie na velikost nádoru. Testováním bakterií S. maltophilia a S. marcescens bylo potvrzeno, že bakterie S. maltophilia působí na redukci nádorového růstu mnohem více, než bakterie S. Experimenty provedenými v bakalářské práci došlo k potvrzení hypotézy pozitivního vlivu náboje bakterií na jejich protinádorový účinek při léčbě melanomu B16-F10
|
|
| |
host ::
RSS.